Sua história começa no governo fluminense de Raul de Moraes Veiga, quando foi inaugurado em 12/12/1922, com o nome de Escola Profissional “Nilo Peçanha”. Abriria suas portas no governo Feliciano de Abreu Sodré em 1923, com um currículo distribuído em 03 (três) anos para ministrar instrução à juventude feminina. Em 1926, formou-se a primeira turma com 32 alunos.
Em 14/01/1929, surgiu o Regulamento de Ensino Profissional sob a forma do Decreto No. 2380, assinado pelo governador Manoel Duarte. Esse regulamento estabelecia que o ensino fosse ministrado em 04(quatro) anos, havendo um curso geral, de caráter obrigatório, e paralelamente cursos especiais que abrangiam: Corte e Costura, Bordados e Rendas, Chapéus, Flores e Furtos.
Com a reforma do Ensino Profissional, em 20/01/1936, os cursos passaram a funcionar com os nomes de Fundamental, Profissional e Normal-Profissional (este não chegando a funcionar), de acordo com a Resolução do Decreto No. 129, assinado pelo governador Almirante Protógenes Pereira Guimarães.
Após o advento da Lei Orgânica do Ensino Industrial, a Escola Profissional “Nilo Peçanha” foi equiparada às Federais (Decreto lei n 11316 de 13/01/1943, publicado no D. O. de 15/04/1944).
Em 1961 a Escola passou a chamar-se Ginásio Industrial “Nilo Peçanha”.
Em 1974, foi criado o 2o. grau (Decreto n 16455 de 08/08/1974).
Em 1977, sua denominação mudou para Colégio Estadual “Nilo Peçanha” e foi indicado pelo Laboratório de Currículos para fazer parte do VI Programa - Região Norte Fluminense, passando a atuar com Habilitação Básica e Curso de Crédito e Finanças. Em 1979, o Curso de Crédito e Finanças, deixou de existir, sendo, então, implantado o Curso Técnico de contabilidade (criado pelo, Parecer n 16/81, homologado em 21/01/1981 e publicado em D.O. de 23/01/1981), em vigor até a presente data.
A Habilitação Profissional de Técnico em Contabilidade (Área Profissional de Gestão) é um curso de educação profissional de nível Técnico. Atende ao disposto na LDB - Lei Federal n 394/97, que dispõe sobre as Diretrizes Curriculares nacionais para Educação Profissional de N
ível Técnico, no Parecer do CEE n 448/01 e demais normas reguladoras do Sistema de Ensino.
Em 1980, foi implantado o Curso de Prótese Dentária, também em vigor até os dias atuais pela Portaria n 1150/ECDAT de 03/09/1980 publicado no D.O. de 15/09/1980, promovendo a formação profissional de Técnico em Prótese Dentária (Área Profissional de Saúde), hoje autorizado pelo Parecer n 167/02 do dia 15/01/2002.